כתב התעמולה השמאלני, "הארץ", מפרסם ביום חמישי ( י"ז בסיון תשע"ה) כי הרמטכ"ל גדי אייזנקוט מתכוון להגביל את מעורבותה של הרבנות הצבאית בפעולות חינוך ביחידות צה"ל.

גורם צבאי בכיר אשר התייחס לכוונה לסרס את הרבנות אמר: "שהרבנות הצבאית תעסוק בנושאי הרבנות וחיל החינוך יעסוק בחינוך. דוד בן גוריון קבע שבצה"ל תישמר הכשרות, לקחנו זאת בשנים האחרונות צעד אחד רחוק מידי ועכשיו הגיע הזמן לחזור אחורה. נדאג שהרבנות תעסוק בפעילות שעניינה רבנות והחינוך יעסוק בחינוך"

הכוונה לסרס את הרבנות הצבאית באה על רקע מאבק ממושך בין חיל החינוך בפיקודו של תא"ל אבנר פז צוק לבין הרבנות הצבאית שמעורבת יותר ויותר בשנים האחרונות בפעילות החינוך בצה"ל. מאבק ששיאו כאמור (אם לוקחים ברצינות את הפירסום ב"הארץ") מגיע עד ללשכת הרמטכ"ל שככל הנראה עומד להכריע לטובת חיל החינוך.

תזכורת: בקיץ שעבר (תשע"ד – 2014) התראיין תא"ל פז צוק לאתר התעמולה YNET ואמר כי "לא נכון לכפות על חיילים ימי עיון והרצאות בנושאים דתיים, אלא רק חינוך ממלכתי צריך להוביל את תחום הערכים והציונות".
באותו ראיון הוסיף פז צוק כי "אין מניעה שאיש דת רפורמי ירצה בפני חיילים".

ואכן בשנים האחרונות נרשמו מספר אירועים אשר בהם היה מעורב חיל החינוך.:
*בקיץ תשע"א (2011 למניינם) פורסם כי חיל החינוך העביר לחיילים סמינרים וסדנאות בנושאי "צדק חברתי", "דו קיום", "כיבוש", "נכבה" ו"השואה של 48'". סמינרים שהיו תחת חסות של ארגון  "הקרן לישראל החדשה".

*בחורף תשע"ד (פברואר 2014 למניינם) התפרסם כי חיילים חרדים נלקחו לסיור באתרי טבילה נוצריים, עברו הרצאות על חג המולד הנוצרי ובמקרה אחד אף אולצו להיכנס לכנסייה.

*אביב תשע"ד (מאי 2014 למניינם) – יום הזיכרון: חייל דתי נוטש הרצאה של נוצרי משיחי (המציג עצמו כיהודי) מול חיילים.

עקב הפירסום ב"הארץ" על כוונת הרמטכ"ל התפרסמו מספר תגובות, ובראשם של חבר הכנסת מוטי יוגב (הבית היהודי) שאמר: "נסיונות הפגיעה בסמכויות הרבנות הצבאית לחבר את החיילים לערכי עם ישראל, הם פגיעה בחוסן צה"ל, ברוח הליחמה ובביטחון ישראל.  הרבנות הצבאית, בתחומי פעילותה מחברת את החיילים להיסטוריה של עם ישראל, לקשר של עם ישראל לירושלים בירת ישראל, למסורת ישראל שכל אלה כשורשים לעץ הנותנים לו את הכח לגדול ולצמוח. הרבנות הצבאית הוכיחה את עצמה בכל מבצעי הלחימה האחרונים, ביבשה באוויר ובים.
בכל פעילות הרבנות הצבאית אין שום נסיון של כפייה דתית. יש פה איזו קנאת סופרים שלא באה להרבות חכמה אלא מרוח לא בריאה של פגיעה ברוח הלחימה.  אני מציע לשר הביטחון ולרמטכ"ל לבחון היטב את הדברים"

גם הרב הצבאי לשעבר, הרב ישראל וייס, הגיב ואמר: "זו החלטה מאוד משמעותית, מאוד כבדה. דרך אגב, גם כשאני שירתתי ניסו להשית עליי החלטות כאלה ואני נלחמתי מלחמת חורמה בכל מי שניסה את הדבר הזה. בעניין כזה הייתי מסרב פקודה, הייתי מניח את המפתחות על השולחן והייתי יוצא לדרכי.
אני אומר באופן ברור, הרב הראשי פרץ הוא ידיד אמיתי שלי, הוא ידיד קרוב שלי, אני מעריך מאוד את כל עשייתו. הוא צריך עכשיו להיכנס לרמטכ"ל, גם אם הוא יושב באמצע ישיבה הכי חשובה, לבקש ממנו הסברים על הכותרת הזו בעיתון הארץ. אם ההסברים לא יינתנו או לא יתקבלו על ידו, הוא חייב להניח את המפתחות על השולחן. אבל הוא לא צריך לעשות את זה לבד, הוא צריך לעשות את זה ביחד עם סגן שר הביטחון שהיה סגן שר הדתות לפני כן (הרב אלי בן דהן)"

ובמקביל שלחו ראשי הישיבות הציוניות והמכינות התורניות מכתב תמיכה ברב הצבאי רפי פרץ ובו כתבו לו:
"בתקופה האחרונה, בה יש המבקשים לפגוע במעמדה של הרבנות הצבאית הראשית, אנו מבקשים לחזק אותך ואת הרבנים הצבאיים העושים במלאכה. הרבנות הצבאית הראשית יחד עם צהל כולו שותפים במימוש החזון הלאומי כפי שבא לידי ביטוי במגילת העצמאות 'בארץ-ישראל קם העם היהודי, בה עוצבה דמותו הרוחנית, הדתית והמדינית, בה חי חיי קוממיות ממלכתית, בה יצר נכסי תרבות לאומיים וכלל-אנושיים והוריש לעולם כולו את ספר הספרים הנצחי.
אנו מחזקים את ידיך וקוראים להמשיך ולקדם את הרבנות בפעולותיה להקניית ערכי מסורת, יהדות ורוח לחימה. העובדה שהרבנים ירדו לשטח יחד עם הלוחמים במבצע צוק איתן הייתה תעודת כבוד לרבנות והוסיפה עוז ואומץ לחיילי צה"ל במערכה"

ועל רקע הפירסום ב"הארץ" מתפרסמים ידיעות על כך שלראשונה קצין חינוך ראשי ינאם בטקס ההשבעה של לוחמים בכותל. בניגוד לשנים עברו, בהם היו הרבנים הצבאיים נואמים בטקסי ההשבעה בכותל.
יצויין כי לפני שלושה חודשים שיגר קצין החינוך הראשי מכתב לראש אכ"א (אלוף חגי טופולנסקי), בו הוא המליץ להוציא את הרבנים מטקסי ההשבעה של הטירונים בצה"ל. זאת כהמשך למאבקו ברבנות הצבאית.

על פי דיווח בערוץ התעמולה 2, רב הכותל, הרב שמואל רבינוביץ'. מתכוון לקיים דיון בנושא עם הגורמים הרלוונטיים בצה"ל בעניין שינוי הסטטוס קוו הנהוג בהשבעות בכותל.