לאחר מלחמות שניהלו זה מכבר ארגוני זכויות אדם לסגירת מתקן הכליאה שבקובה, בו מוחזקים מאות חשודים בטרור על ידי האמריקנים, מצטרף לקריאה לסגור את התקן גם מזכיר ההגנה האמריקני. אך אנשי הנשיא בוש בשלהם.
מזכיר ההגנה האמריקני, רוברט גייטס, ממליץ לסגור לאלתר את אתר הכליאה האמריקני גוואנטנמו, שבו מוחזקים עצירים עיראקיים. כך מפרסם הבוקר (יום ו') "ניו-יורק טיימס". הוא הביע את עמדתו זמן קצר לאחר שמונה לתפקיד, אך הנשיא בוש מתנגד לעמדתו.
מזכיר ההגנה הסביר כי המתקן הפך יעד להשמצות ורבים טוענים לאי חוקיות בעצם קיומו. ארגוני זכיות אדם טענו שוב ושוב בפני הממשל כי יש לסגור את מתקן המעצר, שממוקם במפרץ שבקובה, בטענה שהחשודים מוחזקים בו בניגוד לחוק. מישל רטנר, נשיאת המרכז לזכויות חוקתיות, אמרה זה מכבר: "הם מנסים להעמיד לדין עצורים כבר חמש שנים, ועד שהם לא ישפטו מישהו בהתאם לחוקה שום דבר לא יקרה שם".
המתקן צפוי היה להתרחב על-פי תוכניות הצבא, לנוכח הכוונה להעמיד לדין בתחומו חשודים בטרור בגין פשעי מלחמה: בחודש נובמבר האחרון פורסם כי בכוונתו של צבא ארצות הברית להקים מתחם משפטי במקום. העלות המשוערת של הקמת המתחם עומדת על 125 מיליון דולר. גישתו של גייטס בנוגע לגוואנטנמו מסמנת שינוי בגישה, במיוחד נוכח העמדה שהציג קודמו בתפקיד, דונלד ראמספלד. הוא אף הצליח לסכל את תוכנית ההרחבה של המתקן, בטענה כי מיליוני הדולרים יכולים לשרת את הפנטגון למטרות חשובות יותר.
הפרויקט אמור היה להיות השדרוג הגדול ביותר למתקן המעצר מאז החל לקלוט עצירים בינואר 2002. כלואים בו 385 עצירים, ובהם גם 14 "עצורים בכירים", שהועברו לגוואנטנמו לאחר שהוחזקו במתקני מעצר סודיים של ה-CIA. שניים מהם הם חאליד שייח מוחמד, החשוד כמוח מאחורי פיגועי 11 בספטמבר, ואבו זוביידה, שנחשב לאיש הקשר בין אוסאמה בן לאדן לתאי אל-קאעידה רבים.
גייטס טען בפני הממשל, כי העמדה לדין של עצורים אמורה להתרחש על אדמת ארה"ב, וכך יזכו ההליכים המשפטיים להכרה. בנוסף, טענו גורמי ממשל, כי עצם קיומו של המתקן מחבל במאמץ המלחמתי האמריקני.
הצעתו של גייטס, ובמיוחד הסעיף שהצע בדבר שפיטת עצורים על אדמת ארה"ב נדחתה בממשל בוש, ובמיוחד על ידי התובע אלברטו גונזלס. המתנגדים אף זכו לגיבוי מיועץ הנשיא דיק צ'ייני. אך גורמי ממשל רשמיים ציינו כי ההצעה זכתה.
לגיבוי מצדה של מזכירת המדינה, קונדוליזה רייס. בוש עצמו נותר עיקש בעמדתו להמשיך בהפעלת מתקן המעצר. עם זאת, גורמים בפנטגון ובמחלקת המדינה ממשיכים לבחון חלופות כדי להעמיד לדין את החשודים בטרור במקומות אחרים.
אחת האפשרויות שנדונו בין אנשי הממשל היא להעביר את העצורים למתקנים צבאיים בארה"ב, שם ישהו בהשגחת הפנטגון ויזכו לעמוד למשפט במסגרת צבאית. אך ברור לכל כי העברת העצירים לתחומי ארה"ב עלולה לסבך את האמריקנים: העצורים יכולים לדרוש זכויות שנובעות מהחוקה האמריקנית במקרים כאלה. אפשרות נוספת היא לזרז הליכי חקיקה בקונגרס, שיגדירו במדויק את מעמדם החוקי של העצירים על אדמת ארה"ב.