במקביל להקמת ממשלת האחדות ממשיך ארגון הפתח בפעולות הטרור. הזרוע הצבאית של הפתח קובעת: נמשיך בטרור במקביל למו"מ המדיני.
הפתח אינו מוותר על דרך המאבק המזוין גם לאחר הקמת ממשלת האחדות הלאומית המנסה לשווק דימוי של פרגמטיזם מדיני. עוד ביום ההשבעה של הממשלה (17 במרץ 2007) חידשו גדודי חללי אל-אקצה (פתח) ופלוגות ירושלים (הג'יהאד האסלאמי) את שיגור רקטות הקסאם לעבר ישובי הנגב. בהודעה משותפת שפרסמו נטלו שני הארגונים אחריות לשיגור שתי רקטות לעבר שדרות במה שהוגדר כ"תגובה טבעת לרדיפת היומיומית של פעילי ומנהיגי ההתנגדות (ע"י ישראל) ולחפירות במסגד אל-אקצה"
גדודי חללי אל-אקצה הביעו בהודעה רשמית אחרת באתר הארגון (18 במרץ) תמיכה בממשלת האחדות הלאומית הפלשתינית וקראו לה "לאמץ את דרך ההתנגדות והמאבק המזוין לצד הפעולה המדינית כיסוד ראשי למימוש חלום המדינה הפלשתינית". הזרוע הצבאית של הפתח חזרה וביטאה את מחויבותה המלאה למאבק המזוין. "לאור העקשנות הישראלית והאמריקנית, אנו בגדודי אל-אקצה מדגישים את דבקותנו המלאה בדרך האינתיפאדה וההתנגדות ובפעולה לסיכול כל המזימות הציוניות אמריקניות עד מימוש החירות והעצמאות", נאמר בהודעה.
ולא רק ארגונים אלה נוטלים חלק בשיגור רקטות הקסאם. חטיבות אל-נאסר סלאח א-דין, הזרוע הצבאית של ועדות ההתנגדות העממית, הודיעו (18 במרץ) על הפצצת העיר אשקלון בשתי רקטות מסוג נאסר 3. הנימוק לפעולה – "תגובה על ההתקפות הישראליות נגד העם הפלשתיני בגדה וברצועה ודבקות בדרך ההתנגדות".
