בנאום שנשא בפרלמנט האיטלקי לרגל "יום היהדות הבינלאומי" בחסות האפיפיור קרא הרב הראשי האשכנזי יונה מצגר לאירופים שלא להתעלם מאיומי איראן: "דווקא היושבים על אדמת אירופה צריכים לדעת מניסיון העבר שהכל מתחיל בהצהרות". בוותיקן קרא האפיפיור מצידו ליהודים ולנוצרים לשלב כוחות למען השלום.
"צאו מהאדישות ואל תחרישו אל מול האיום האיראני", כך אמר היום (ד') הרב הראשי לישראל, יונה מצגר, בנאום שנשא בפרלמנט האיטלקי במסגרת "יום יהדות בינלאומי" שמתקיים לראשונה בחסות האפיפיור, בנדיקטוס ה-16.
הרב מצגר פנה למנהיגי העולם וקרא להם למנוע את האיום ה"בלתי הומאני". "אני חייב לומר בכנות רבה, כי האדישות, רפיון הרוח וחידלון המעשה שבו נוהגים העמים הנאורים כלפי איראן, הוא חטא שאין גדול ממנו", אמר. "דווקא היושבים על אדמת אירופה צריכים לדעת מניסיון העבר שהכל מתחיל בהצהרות שאין להקל ראש בהן כי אחרי האיומים באים המעשים". "גם אני נמצא כאן לפניכם היום, כתמרור אזהרה וכשליח העם היהודי כדי לומר לכם שיש מי שמחקה את מנהיג הנאצי בהצהרות חמורות כלפי עמי ומולדתי", דברי הרב.
הרב הראשי לישראל, שהוזמן לשאת את הנאום המרכזי בנושא תרומת היהדות לערכים ההומאניים בעולם, בחר להתייחס בין היתר לסוגיית הטרור. בנאום אמר מצגר: "בעוסקנו בערכים הומאניים, עלינו לעשות כל אשר לאל ידינו למגר את הטרור והשימוש בדת לצורכי אלימות. ככל שנקדים לעשות כן, נחסוך מוות ושכול בקרב בני אדם ונהיה שותפים במצווה הומאנית שאין חשובה ממנה בדורינו".
הרב מצג גם התייחס לשלושת חיילי צה"ל השבויים, שטרם התקבל מהם סימן חיים: "האם אין זה דבר אלמנטרי שהורי החיילים ידעו לפחות האם בנם בריא, האם הוא חי בכלל. האם זה איננו כלול בערך הומאני אלמנטרי?", שאל הרב. מצגר הודה לוותיקן על שערך את "יום היהדות" ואמר כי הוא בטוח שיום שכזה יכול לסייע בהפחתת גילויי האנטישמיות בעולם.
האפיפיור מצדו קרא ליהודים ולנוצרים לכבד איש את רעהו ולפעול ביחד למען השלום העולמי. הושטת היד ליהודים נעשית כהמשך ישיר למדיניותו של קודמו, יוחנן פאולוס השני.
"אני מזמין את כולכם להתפלל לאל כדי שהנוצרים והיהודים יכבדו אחד את השני, יעריכו אחד את השני וישתפו פעולה למען הצדק והשלום העולמי", אמר בנדיקטוס בפני אלפי מאמינים בוותיקן.
ב-2005, במסגרת מסעו הראשון מחוץ לוותיקן לאחר מינויו, ביקר בנדיקטוס בבית הכנסת בעיר הגרמנית קלן. אשתקד הוא גם ערך ביקור מיוחד באתר מחנה ההשמדה הנאצי אושוויץ בפולין.