בהתאם לגישה המקובלת בהלכה, שלל הרב יוסף פנייה למערכת בתי המשפט בישראל, ואף פעל לא מעט בהסברה בנושא:
"ודע כי אף על פי שהסמכות החוקית כיום מטעם הממשלה לדון היא לבתי המשפט החילוניים והשופטים שם יהודים הם, עם כל זה ברור על פי דין תורתנו הקדושה - התובע את חבירו בבתי משפט שלהם גדול עוונו מנשוא, והוא בכלל מה שפסקו הרמב"ם והשולחן ערוך, שכל הדן בערכאות [בתי משפט] שלהם הרי זה רשע וכאילו חרף וגידף והרים יד בתורת משה רבינו".
הרב יוסף לא הסתפק בדבר הלכה זה, ובפברואר 1999 התבטא בחריפות נגד בית המשפט העליון:
"אלו קוראים את עצמם בית משפט עליון? לא שווים. בבית משפט תחתון צריך לשים אותם. הם, בשבילם ברא את כל הייסורים שבעולם. כל מה שישראל סובלים, רק בשביל הרשעים האלה. ריקים ופוחזים. שיפחה כי תירש גבירתה. מה הם יודעים? ילד שלנו בן 8-7 שנה יודע ללמוד יותר טוב מהם ללמוד תורה. אלה שמו אותם בבית משפט עליון. מי בחר בהם, מי עשה אותם שופטים, אלא שר המשפטים, צר ואויב הוא אהב אותם והוא המליץ שצריכים לבוא אצל הנשיא והנשיא שם אותם שופטים. מה, עשו בחירות? מי אמר שהעם רוצה כאלה שופטים רשעים כאלה. כולם סוררים ומורים. אין להם לא דת ולא דין. כולם בועלי נידות. כולם מחללי שבת. אלה יהיו השופטים שלנו? עבדים משלו בנו".
והיום כולם יודעים איך שזה נכון...

מתוך ויקיפדיה,הערך עליו